Административная структура
Национальный парк «Шушенский бор» находится в непосредственном подчинении Министерства природных ресурсов и экологии Российской Федерации. Руководство парком осуществляется директором. Национальный парк является членом Ассоциации заповедников и национальных парков Алтае-Саянского экорегиона. По состоянию на 01.07.2012 численность работников составила 106 человек. Аппарат управления парка представлен следующими отделами: руководство, финансово-экономический отдел, отдел лесного хозяйства, научный отдел, отдел экологического просвещения, туризма и рекреации, отдел охраны территории, оперативная группа, отдел обеспечения основной деятельности.
В структуре парка выделены два территориальных подразделения. Управление территорией в горной части осуществляется Горным лесничеством во главе с лесничим, а в равнинной части – Перовским лесничеством.
За высокие достижения в деле сохранения и преумножения лесных богатств двое сотрудников парка удостоены почетного звания «Заслуженный лесовод Российской Федерации» - директор парка Толмачев В.А. и начальник лесопитомника Иванникова С.И